2022-03-17 美国 来源:其他 作者:张芮晴 领域:生物
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据phys网3月13日消息,美国加利福尼亚大学圣地亚哥分校领导的国际团队开发出一种新的基因组组装算法“La JoLa汇编程序”(LJA),可以全自动的方式重建出人类基因组中几乎一半的染色体。研究团队采用“德布鲁恩图”(de Bruijn graphs)帮助将数以百万计的读数组合成完整的基因组,但先前开发的所有算法在构建极其复杂的人类基因组德布鲁因图时均因数据量过大而崩溃。LJA算法减少了数据占用,且与其他利用长高保真读取的组装算法相比,组装错误减少了五倍,为提高大规模人群研究的速度和准确性奠定基础。该算法极大改进了大基因组重建,增强了扩展完整人类基因组组装的能力。相关研究成果发表于《自然生物技术》期刊。
消息来源:https://phys.org/news/2022-03-highly-accurate-algorithm-scales-ability.html